南京净觉寺是一座有着悠久历史的著名清真寺。净觉寺位于城南三山街，初建于明洪武二十一年（公元1388年），系南京最早的一座清真寺。明宣德五年（公元1430年）净觉寺遭火灾被毁，此时恰逢回族著名航海家郑和准备第七次下西洋的前夕，明宣宗特准郑和的奏请，动用国库资金重建净觉寺，嘉靖年间郑和奏请重修时还敕建砖雕牌坊一座。现在南京净觉寺砖雕牌坊虽然是重建，但上方仍有“敕建”二字，以保持当年风貌。清代又有过两次重修。明清以来，刘智、王岱舆、伍遵契等对中国伊斯兰教起过重大影响的学者都在此进行著书立说等学术活动。

南京净觉寺寺址原面积约为40亩，仅大殿就有81间，几经战乱、火灾，建国初已成居民大杂院，文革时又被工厂占用。党的十一届三中全会后，经人民政府数次整顿并拨款维修始有今日之规模。现有大殿、二殿、明人砖雕牌坊、望月楼、南北讲堂、碑亭、水房等建筑2000平方米，占地约为4000平方米。礼拜殿后有高墙一座，相传为明代所建，为南京寺庙中最高的墙壁。

目前为全市以至东南沿海城市中最大最古老的清真寺之一，属省级文物保护单位。市伊协所在地。全市伊斯兰教重大的宗教活动均集中于此。平时“主麻”聚礼中、外穆斯林共约500人，重大节日参加会礼的中、外穆斯林达5000余人，是南京回族、伊斯兰教的政治、宗教、文化、外事等活动的中心。